1. Storia antica:
Secondo gli scritti canonici, inizialmente l'umanità era a conoscenza del Warp e vi conviveva. Vi erano alcuni dotati di doni e poteri che potevano comunicare col Warp e usarlo per molti scopi - spesso curatori tribali e guide spirituali dell'umanità; queste persone potevano persino fluire attraverso il Warp dopo la morte, e così facendo rinascere.
In ogni caso, quando l'umanità guadagnò maggiori conoscenze su questi poteri, i suoi desideri crebbero, e così ebbe inizio iniziò la corruzione. Le guide spirituali avvertirono i cambiamenti e la diminuzione dei propri poteri, inclusa la sempre maggiore difficoltà della pratica della reincarnazione. Essi chiamarono allora un grande concilio, e a seguito di lunghe discussioni compresero che di essi sarebbe riuscito a fermare da solo tale deterioramento. Decisero così di unire le proprie forze, rinunciando ciascuno alla propria vita per far s' che tutti potessero rinascere in un'entità collettiva, un unico Dio di inimmaginabile potere.
Un grande rituale di morte fu compiuto, e circa un anno dopo nacque un bambino dai poteri straordinari...
2. L'Imperatore:
Il Suo nome originale è sconosciuto, ma si trovano alcuni riferimenti che affermano che nacque nell'ottavo millennio AC nel centro dell'Anatolia. Crebbe in una zona isolata e deserta, e si vociferava che avesse il potere di fermare la propria vecchiaia, insieme a molte altre abilità psichiche.
Dopo molti anni, come l'Imperatore crebbe in giudizio e concentrazione, intuì da solo la corruzione causata dai desideri umani, e si preparò per correggerla. Rimase sempre in disparte, facilitando molti dei più importanti cambiamenti dell'umanità, e in generale guidando e proteggendo le specie.
La prima menzione dell'Imperatore nei registri Imperiali fu di quando conquistò la Terra dopo l'Era degli Scontri (grossomodo nel ventinovesimo Millennio). L'uso dell'Imperatore di guerrieri modificati e progettati geneticamente lo mise in grado di riunire il popolo della Terra e di porre la sua attenzione verso le stelle. Con l'assistenza dell'Adeptus Mechanicus su Marte, l'Imperatore generò i primi Space Marine, e flotte di navi interstellari per portare le sue armate sino ai più lontani angoli della galassia.
L'Imperatore creò poi i Primarchi, dai quali fu ricavato il seme genetico degli Space Marine, ma un evento di causa sconosciuta sparpagliò i Suoi figli per tutta la galassia.
3. La Grande Crociata:
L'Imperatore aveva un grande sogno: riunire i pezzi dell'umanità che erano dispersi per tutta la galassia, e isolati l'un l'altro durante l'Era della Lotta. Nei primi anni della Grande Crociata, Egli fu in prima linea, a guidare i suoi soldati in battaglia. Con l'aumentare dei mondi sotto il controllo del giovane Impero dell'Umanità, l'Imperatore ritrovò i Primarchi dispersi, che furono usati come base genetica per stabilizzare il processo di generazione degli Space Marine.
Dopo qualche tempo, Egli tornò sulla Terra, ai suoi laboratori sotterranei, per lavorare a progetti sconosciuti. Il controllo della Crociata venne lasciato ai suoi fidati figli, i Primarchi. La guida di essi era Horus, Comandante dell'Imperium e primo dei Primarchi ad essere stato ritrovato dall'Imperatore.
4. L'Eresia di Horus:
La Grande Crociata arrivò alla fine con gli eventi dell'Eresia di Horus, quando questi si ribellò all'Imperatore. Sotto la guida del comandante traditore, nove legioni di space marine e innumerevoli reggimenti della Guardia Imperiale si convertirono al Caos e diedero inizio a una guerra civile di livello galattico.
Persino quando l'armata di Horus cinse d'assedio la Terra, l'Imperatore credeva ancora di poter redimere suo figlio; e mantenne questo credo anche quando lo fronteggiò per l'ultimo duello. L'Imperatore non voleva usare i suoi pieni poteri, ma allo stesso tempo non si rendeva conto che Horus era sorretto dalla forza congiunta di tutti gli dei del Caos. Il Signore della Guerra non aveva scrupoli: attaccò selvaggiamente suo padre, tagliandogli la gola, spappolandogli un occhio e spezzandogli la schiena. L'Imperatore giaceva a terra, quando un Terminator entrò nella stanza: l'identità di questo soldato non è mai stata precisata. Horus lasciò che questi contemplasse la sconfitta del suo invincibile Imperatore, quindi sventrò il Marine con la sola forza dello sguardo.
A quel punto, l'Imperatore capì che Suo figlio non esisteva più. Levandosi in tutta la sua potenza, Egli raccolse allora la totalità del proprio potere, e scagliò una lancia di pura energia psichica verso Horus; il contraccolpo fece tremare l'intero Warp, mentre i quattro dei del Caos fuggivano terrorizzati da un potere che altrimenti li avrebbe distrutti.
Per un breve istante, l'Imperatore sentì che il Suo adorato figlio tornava alla normalità: ma Egli sapeva che, prima o poi, il Caos lo avrebbe nuovamente corrotto, e che Lui non sarebbe più stato in grado di contrastarlo. Così rivolse la sua intera potenza verso Horus, strappando la sua anima e dissolvendola per sempre.
Il Primarca dei Magli dell'Imperatore, Rogal Dorn, trovò l'Imperatore e lo riportò sulla Terra, dove ricevette le istruzioni su come costruire il Trono d'Oro (realizzato dall'Adeptus Mechanicus) dove l'Imperatore riposa ancora oggi.